La primera edición de la Copa Sudamericana se disputó en 2002. El torneo reemplazó a la Copa Mercosur, que había sustituido a la Copa Conmebol, aunque durante dos años se jugaron en simultáneo. Todos estos torneos se jugaban y se juegan en la segunda mitad del año, después de la vieja Copa Libertadores de América, la competición sudamericana por excelencia.
La Conmebol se jugó entre 1992 y 1999. Los brasileños fueron los más ganadores del torneo, seguidos por los argentinos. Peñarol llegó a dos finales, en 1993 y 1994, y cayó derrotado ante Botafogo y San Pablo, respectivamente. Los otros ganadores fueron Atlético Mineiro en 1992 y 1997, Rosario Central en 1995, Lanús en 1996, Santos en 1998 y Talleres de Córdoba en 1999.
En 1998 se creó la Copa Mercosur, que se jugó hasta 2001. En las cuatro ediciones los participantes uruguayos fueron Peñarol y Nacional. En la copa de 1999 compartieron el grupo D con Vasco da Gama y Cerro Porteño. Los dos clásicos se jugaron en el estadio Centenario, el primero terminó 0-0 y el segundo, que le dio la clasificación a Peñarol a cuartos de final, fue victoria de los carboneros 2-1, con goles de Walter Pandiani y Antonio Pacheco; Jorge Chispa Delgado descontó para los tricolores. En cuartos Peñarol enfrentó a Olimpia de Paraguay: el partido de ida se jugó en Asunción y ganaron los olimpistas 1-0, mientras que la vuelta se jugó en Montevideo y fue triunfo 3-0 para los dirigidos por Julio César Ribas. De esa manera, Peñarol quedaría otra vez en las puertas de la definición, ya que jugaría las semifinales con Flamengo. Los brasileños, que después serían campeones, eliminaron a los uruguayos: 3-0 en Maracaná y 2-3 en el Centenario, con batalla campal entre los jugadores incluida. Los otros campeones fueron Palmeiras en 1998, Vasco da Gama en 2000 y San Lorenzo en 2001. El ciclón del barrio Boedo repetiría un título continental al año siguiente, en 2002, pero de la naciente Copa Sudamericana. Los santos ganaron las finales con luz sobre Atlético Nacional: 4-0 en Medellín y 0-0 en Buenos Aires.
En contraposición con lo que pasaba en copas anteriores, en las que los brasileños se quedaron con la mayoría, los argentinos son los monarcas de la Sudamericana. En 2003 la ganó Cienciano de Cuzco ante River Plate; en 2004 se la quedó Boca Juniors, que derrotó a Bolívar y repitió en 2005 ante los Pumas de la UNAM; en 2006 el campeón fue Pachuca de México, que le ganó a Colo-Colo; en 2007 Arsenal de Sarandí dio la sorpresa y se quedó con la copa ante América de México; 2008 se tiñó de colorado con el campeonato de Internacional de Porto Alegre ante Estudiantes de La Plata; Liga de Quito eliminó al River Plate de Juan Ramón Carrasco en semifinales y luego se quedó con la copa en las finales ante Fluminense en 2009; Independiente fue campeón ante Goiás en 2010, mientras que en 2011 el ganador fue la gran Universidad de Chile de Jorge Sampaoli, que derrotó a Liga de Quito; en 2012 San Pablo le ganó a Tigre; en 2013 Lanús fue campeón ante Ponte Preta, y el River de Marcelo Gallardo y los uruguayos Carlos Sánchez y Rodrigo Mora se quedó con la de 2014.