En mayo el Supremo Tribunal Federal de Brasil suspendió a Cunha como diputado, y por tanto como presidente de la cámara, por considerar que utilizaba el cargo para bloquear las investigaciones en su contra, tanto de la Justicia como del Comité de Ética. Al mes siguiente este comité parlamentario recomendó que se le quitara el escaño, pero la decisión debe ser ratificada en una votación de todos los diputados. Esta instancia se vio frenada por nuevas maniobras de Cunha entre sus aliados y, según los medios brasileños, por amenazas de que si le quitaban su banca, colaboraría con la Justicia para revelar la información sobre la red de corrupción en Petrobras. En paralelo, Cunha presentó un recurso -que se tratará en las próximas semanas- contra la recomendación del Comité de Ética.
Desde mayo el presidente de Diputados es Waldir Maranhão, que era número dos de Cunha, pero el plenario de la cámara no logró volver a funcionar porque la mayoría de los diputados reclamaba que regresara Cunha o que hubiera nuevas elecciones para presidir la cámara. Esta situación ponía en problemas al gobierno de Temer, que al igual que Cunha pertenece al Partido del Movimiento Democrático Brasileño (PMDB). No sólo porque la cámara baja no estaba sesionando, y por lo tanto no votaba sus iniciativas, sino también porque no había acuerdo entre la amplia gama de partidos que apoyan al gobierno para nominar a alguien en el cargo de Cunha. La selección de un nombre podía generar fuertes choques entre los partidos que respaldan a Temer a sólo semanas de la votación para destituir a Dilma Rousseff, que está prevista para fines de agosto.
Con este escenario de fondo, Temer se reunió con Cunha a fines de junio. No hubo declaraciones oficiales, pero varios diarios brasileños coincidieron en informar que en ese encuentro el presidente en funciones le pidió a Cunha que renunciara a la presidencia de Diputados para destrabar la situación. A cambio, le ofreció que el PMDB respaldaría su recurso contra la recomendación de quitarle el escaño y que el gobierno haría gestiones para que la presidencia de la cámara quedara en manos de alguno de sus aliados. Tanto antes como después de ese encuentro, Cunha dijo en varias oportunidades que no renunciaría a su cargo, pero finalmente lo hizo.
La reunión de los dos dirigentes generó reacciones de rechazo en la oposición, pero también en los partidos que respaldan al gobierno interino: algunos diputados opinaron que Temer no debería exponerse de esa forma con un correligionario que es investigado por la Justicia y por sus colegas por actos de corrupción. Ayer Temer se reunió con el líder de la bancada oficialista en Diputados, André Moura. Tras el encuentro, Moura dijo que “la idea del presidente interino es dejar que la base de partidos aliados sea la que elija un nombre” para sustituir a Cunha.