Así lo confirmó el presidente tricolor, José Decurnex: Álvaro Gutiérrez vuelve a Nacional para ser el director técnico. Las historias son similares: esta vez es contratado tras el despido del argentino Eduardo Domínguez, sobre todo por los bajos rendimientos en el torneo local; aquella vez, en la temporada 2014-15, Gutiérrez agarró el fierro caliente tras el cese de Gerardo Pelusso. Después de aquel primer pasaje por los tricolores Gutiérrez dirigió Al-Shabab, de Arabia Saudí, y la Liga de Quito, de Ecuador.
El paso del entrenador por Nacional fue muy bueno. Terminaba la temporada 2013-14, al bolso se le iba el campeonato uruguayo, pero logró meter al equipo en la Copa Libertadores. Al año siguiente hizo un Apertura casi perfecto: logró 42 de los 45 puntos, obviamente, coronándose campeón. Si bien perdió el Clausura, Gutiérrez salió campeón con Nacional ganándole las finales a Peñarol.