El fiscal especializado en Crímenes de Lesa Humanidad, Ricardo Perciballe, llamó a declarar a Gilberto Vázquez en nueve causas que investigan violaciones a los derechos humanos, entre las que se encuentran el primer vuelo, los fusilados de Soca, la causa que investiga abuso sexual contra 28 mujeres privadas de libertad, el caso del militante tupamaro Antonio Viana, la desaparición de Nebio Melo y la muerte de Edison Marín. Según explicó a la diaria, se trata de causas que están en la etapa de presumario y que implican vínculos con Argentina, dado que el militar en sus declaraciones ante el Tribunal de Honor admitió que había operado dos años en Argentina.
Si bien Vázquez hace referencia expresa a la desaparición de Adalberto Soba y el segundo vuelo –en el que 22 personas fueron trasladadas desde Buenos Aires y desaparecidas–, ambas causas tienen condena firme, por lo que “no existe posibilidad de considerar las actas”.
Perciballe consideró que en las otras causas “podrían ser importantes las declaraciones brindadas en el Tribunal de Honor”, por lo que también solicitó que el Ministerio de Defensa Nacional envíe los documentos a los juzgados, de manera que puedan servir como pruebas en las causas, distribuidas en cuatro sedes judiciales.
Vázquez es indagado por el caso que investiga los abusos sexuales sufridos por 28 presas políticas, que en octubre de 2011 presentaron denuncia ante la Justicia contra unas 150 personas que practicaban torturas y abusos físicos y psicológicos en 16 cuarteles y centros clandestinos de detención. Entre los acusados hay militares, policías, enfermeros y médicos.
También será convocado a declarar por la desaparición del militante del Partido Comunista Revolucionario Nebio Melo, quien fue detenido en Buenos Aires el 8 de febrero de 1976 en la estación Belgrano y posiblemente trasladado a Uruguay.
Las actas se incorporarán a la causa que investiga el caso de los cinco militantes del Movimiento de Liberación Nacional (MLN-T) que fueron secuestrados en Argentina el 8 de noviembre de 1974, trasladados en lo que se conoció como el “vuelo cero” y, luego de pasar por varios centros militares, fueron fusilados en Soca, en un campo cercano a la ruta 70.
Perciballe también pidió la indagación de Vázquez en el caso del primer vuelo, en el que el 24 de julio de 1976 fueron trasladados desde Buenos Aires 24 militantes del Partido por la Victoria del Pueblo y el MLN-T, siendo desaparecidos León Duarte y Gerardo Gatti. En agosto de 2005, el entonces comandante en jefe de la Fuerza Aérea, Enrique Bonelli, admitió haber sido copiloto en ese vuelo.
Otro de los casos es el del militante del MLN-T, Antonio Viana, quien fue detenido en Buenos Aires y trasladado a Uruguay en un vuelo comercial de Pluna en abril de 1974. Viana fue torturado en el Batallón de Infantería Nº 12. También se ampliará la investigación en la causa sobre la muerte del militante tupamaro Marín, asesinado en junio de 1972 en el Regimiento de Caballería Nº 4.