La Agencia Nacional de Investigación e Innovación, puesta en funcionamiento en 2006, según la ley que la creó (18.084 del 28 de diciembre de 2006), debía comunicarse con el Poder Ejecutivo “a través del Gabinete Ministerial de la Innovación, presidido por el Ministerio de Educación y Cultura”. Allí también se señalaba que “El Poder Ejecutivo aprobará el Plan Estratégico Nacional de Ciencia, Tecnología e Innovación (PENCTI)” y que “Al poder Ejecutivo, a través del Gabinete Ministerial de la Innovación, le compete la fijación de los lineamientos políticos y estratégicos en materia de cinca, tecnología e innovación”.
Sin embargo, dado que el Gabinete Ministerial de la Innovación, creado en abril de 2005 dejó de existir cuando en diciembre 2016 se creó el Sistema Nacional de Transformación Productiva y Competitividad, por la vía de los hechos se generó un vacío sobre quién definía las políticas de CTI y cómo se comunicaba la ANII con el Ejecutivo, generándose un cierto desorden institucional que fuera objeto de críticas de varios actores de la comunidad científica.
El artículo 165 la ley de urgencia propone sustituir el artículo 2 de la Ley N° 18.084 determinando que “Al Poder Ejecutivo le compete la fijación de los lineamientos políticos y estratégicos en materia de ciencia, tecnología e innovación. La Agencia Nacional de Investigación e Innovación se comunicará con el Poder Ejecutivo a través del Ministerio de Educación y Cultura. El Poder Ejecutivo aprobará el Plan Estratégico Nacional en Ciencia, Tecnología e Innovación (PENCTI)”.
En la órbita de presidencia funcionan hoy dos secretarías relacionadas con la temática, la Secretaría Nacional de Ciencia y Tecnología, creada el 19 de diciembre de 2015 pero que comenzó a funcionar recién en marzo de 2018, y la Secretaría de Transformación Productiva y Competitividad, creada en la órbita de la Oficina de Planeamiento y Presupuesto (OPP) en diciembre de 2016.
En tanto en el MEC funciona tanto el Consejo Nacional de Innovación, Ciencia y Tecnología (CONICYT), creado por ley de Presupuesto de 1961 y reformulado en 2006 (en la misma Ley 18.084) “como órgano deliberativo asesor de los poderes públicos (Ejecutivo y Legislativo) en temas de ciencia, tecnología e innovación”, como la Dirección para el Desarrollo de la Ciencia y el Conocimiento (D2C2), antes de la ley que creó el Sistema Nacional de Transformación Productiva y Competitividad llamada Dirección de Innovación, Ciencia y Tecnología para el Desarrollo (DICYT).