El dicho “El Fénix no baja” se contradijo y el club de Capurro descendió a la B tras 15 años consecutivos en Primera División. El Ave, club formador, entre otros, de Manuel Ugarte, despidió la faceta de futbolista de Fabián Larry Estoyanoff, el Lolo, también surgido de sus divisiones inferiores, orgullo del club. Estoyanoff seguirá vinculado a Fénix desde el corazón, sobre todo, pero además en el rol de gerente deportivo.
Debutó profesionalmente en el 2000 con Fénix. La descosió, era veloz y atrevido. Aquello lo llevó a dar el salto a Peñarol, donde fue ídolo y querido. Con Peñarol ganaría su primer Campeonato Uruguayo en 2003. Serían cuatro en total en toda su carrera, un número implacable.
En 2005 se fue a España, dio el famoso salto y atravesó el Atlántico. Llegaba el sueño del fútbol europeo. Jugó en Valencia primeramente. Pasó por Cádiz, Deportivo La Coruña y Real Valladolid. En 2008 retornó a Peñarol, pero su estadía duró apenas algunos meses. Ya era su casa Peñarol. Volvió a viajar para jugar en el Panionios de Grecia. La rompió en casi todos lados donde jugó. En 2010 volvió al carbonero y fue subcampeón de la Copa Libertadores 2011, bajo la dirección técnica de Diego Aguirre, algo que se revivió mucho en los últimos meses para engendrar esa mística peñarolense y de La Fiera.
Volvió al club griego y a Peñarol nuevamente porque, claro, todavía faltaba ganar campeonatos y sentir el corazón de la gente. Levantó su segundo trofeo de campeón uruguayo en la temporada 2012-2013.
En 2015 fichó por el conocido Al-Nassr de Arabia Saudita, donde en la actualidad juega el increíble Cristiano Ronaldo. Ganó la Liga Profesional Saudí de la temporada 2014-2015. Un año más tarde, empezó a volver a Fénix, no sin antes, en 2017, tener un último pasaje por Peñarol, donde ganó los campeonatos de 2017 y 2018. En 2018 obtuvo la Supercopa Uruguaya.
En 2021 retornó al albivioleta, su primera casa. En 2024, con 42 años, jugó 11 partidos con la casaca que lo vio nacer. En total, a nivel de clubes, registró 480 partidos, 85 goles y repartió 102 asistencias. Jugó en la selección uruguaya en 2001 con Víctor Púa como director técnico y estuvo en la Copa América 2001, 2004 y 2007.