Ser compañeros de sello no fue precisamente un vaso comunicante, y la suma de las demoradas circunstancias en que fue editado The Velvet Underground & Nico y una desgraciada fecha en conjunto causaron una ruptura irreconciliable entre The Velvet Undeground y The Mothers of Invention, particularmente entre sus líderes y compositores, Lou Reed y Frank Zappa. La involuntaria competencia por los favores de la banda (alimentada por el manager de los Mothers, Herb Cohen) fue uno de los factores, pero la venenosa lengua de Zappa durante el show de San Francisco en el que le abrieron a la Velvet y el guitarrista bigotudo se burló de la orgullosa banda neoyorquina que los iba a suceder (algo que, siendo justos, hacía con todos los grupos con los que compartía escenario, y también con los propios Mothers), hizo que tanto Reed como John Cale escupieran verbalmente cada vez que el nombre de Zappa era traído a colación en alguna entrevista. Reed llegó a decir: “Zappa es el músico menos talentoso que escuché en mi vida, un académico barato y pretencioso, y no sabe tocar rock’n’roll porque es un perdedor”. Cale opinó que para él Zappa no estaba “realmente interesado en la música”, sino que la usaba “como municiones”. Los motivos de la antipatía eran variados, y Zappa no había limitado sus ácidas críticas a la otra banda en el escenario, sino que entre las múltiples viñetas que pueblan su abigarrado y magnífico disco We’re Only In Only In It For The Money (1968), se escucha la voz de un locutor quejándose de tener que trabajar con The Velvet Underground, calificándola de “tan sólo una banda de mierda”.

Los motivos de la enemistad pueden adivinarse en la simple comparación de las fotos de los dos grupos, al ver el contraste entre los elegantes, atractivos y distantes neoyorquinos, vestidos de blanco y negro; y la grotesca, casi circense indumentaria de la banda de Los Ángeles. Pero también hay un contraste evidente entre el minimalismo técnico de las ejecuciones de los Velvet -que sin embargo eran mucho mejores músicos en lo técnico que lo que suele concedérseles-, y el virtuosismo de trasfondo jazzero de los Mothers, así como entre las letras literarias y trabajadas de Reed y los fragmentos satíricos y humorísticos (y en muchos aspectos, como el político, mucho más punk que lo escrito por Reed) que caracterizan a Zappa. Sin embargo, la antipatía parece haber tenido un motivo aun más inmediato, ya que Zappa era conocido por su férrea oposición al uso de drogas en su entorno, y los Velvet no sólo cantaban canciones sobre el abuso de sustancias, sino que también eran bastante indulgentes en su uso personal.

Pero todas esas fricciones y oposiciones tal vez no hayan dejado percibir los menos evidentes puntos de contacto entre ambas obras. Además de compartir sello y productor, los Velvet y los Mothers tenían también en común el desprecio que sentían por la cultura del hippismo y las bandas de rock “ácido” de California, cuyo espíritu optimista rechazaban. También eran dos formaciones extrañamente interesadas en la música culta de su época: Zappa obsesionado con la obra de Edgar Varèse, y Cale con un conocimiento similar de la de Erik Satie, además de haber trabajado con La Monte Young y John Cage. Otro elemento en común fue la concepción de su música como algo que apuntaba a superar al rock, integrando también lo no musical (el ruido, el teatro, lo transgresor), y la pasión -a veces disimulada, a veces no- de ambos compositores por las canciones sencillas de pop y doo-wop. Por otra parte y a pesar de la en ocasiones abstrusa complejidad de sus composiciones, Zappa apreciaba mucho las aproximaciones originales al formato de canción -como prueba su apoyo a proyectos tan extravagantes como The Shaggs o la carrera de Captain Beefheart-, y, típico de su naturaleza contradictoria a veces oscurecida por su difícil carácter, no tuvo problemas en admitir más tarde que en realidad le gustaba mucho este primer disco de The Velvet Underground.

Tras la caída del Muro de Berlín, ambos músicos descubrirían, vía el reconocimiento del entonces presidente checo Václav Havel, que si sus bandas no habían sido masivas en el Occidente capitalista, ambas habían sido objeto de culto y símbolo de rebeldía en las revueltas de la Primavera de Praga, y los discos de ambas fueron prohibidos por su contenido subversivo.

De todos modos, la animadversión entre dos (tres, contando a Cale) de las figuras más inconformistas e icónicas del rock disidente continuó hasta la muerte de Zappa en 1993, víctima de un cáncer de próstata. Al año siguiente fue incluido en el Rock and Roll Hall of Fame, y su familia tuvo algunos problemas para decidir quién hablaría de él en la ceremonia; luego de considerar otros candidatos, Gail Zappa, la viuda del músico, tuvo la idea de que fuera Reed quien lo hiciera, ya que era un compositor que el difunto respetaba más allá de sus diferencias -aunque sus hijos no estuvieron de acuerdo-. El también difícil y orgulloso autor de “Walk on the Wild Side”, inesperadamente, aceptó la propuesta, luego de conversar y aclarar algunos resentimientos con la viuda. En su discurso, dijo: “Es raro conocer en la vida a alguien que afecte a las cosas y las cambie de una manera positiva. Frank Zappa era una persona así, y de los muchos arrepentimientos que tengo en la vida, uno de ellos es no haberlo conocido mejor [...]. Frank era una fuerza de la razón y la honestidad en un negocio deficiente en esas áreas. Así como recompensamos con dinero a quienes proveen de diversión a las masas, creo que la inclusión de Frank Zappa en el Rock and Roll Hall of Fame distingue al museo tanto como a su nuevo miembro”. Dos años después, The Velvet Underground fue introducida en el Hall of Fame, pero a Reed esa distinción le llegó como compositor y solista recién en 2015, más de un año después de su muerte, otra circunstancia que lo asimilaría a Zappa, en el tardío y casi forzado reconocimiento del mainstream a estos dos músicos que siempre se mantuvieron a un costado del buen gusto y el consenso general.