Además de hospedar una gran variedad de fauna local y migrante, el humedal que se forma en la confluencia de los arroyos Maldonado y San Carlos contribuye a mantener un ecosistema complejo, pero no del todo protegido.
Pitiayumís, guazubirás, lagartos overos: la frontera entre Rocha y Maldonado alberga una multitud de especies excepcionales, que se ven favorecidas por la instalación de comunidades ambientalistas que, en una zona netamente turística, protegen la fauna autóctona.
Aunque haya sido creada para los humanos, la ciudad es un ambiente al que se adaptaron especies animales y vegetales autóctonas y también otras que llegaron con los migrantes.
Una gran variedad de animales habita el Parque Nacional San Miguel, en Rocha, desde los bañados y la franja de árboles, entre los que sobresalen las palmeras pindó, hasta las zonas más altas de los cerros, con una vegetación de pastos bajos y cactus.