El expediente que investiga la desaparición forzada de Castro fue, el 17 de agosto, el último en ser excluido de la Ley de Caducidad por parte del Poder Ejecutivo. Fue el segundo pronunciamiento. En setiembre de 1989, el entonces presidente, Julio María Sanguinetti, amparó el caso en la norma, cuando ya se sabía que la historia referida a que Castro se había ido del país en un avión era un invento de la dictadura. La familia de Castro pidió el desarchivo en octubre de 2009, luego del fracaso del plebiscito rosado y ante la aparición de nuevos elementos.
Con 68 años, Castro fue secuestrado en la vía pública en la mañana del 1º de agosto de 1977 y fue trasladado a la casona de Millán y Loreto Gomensoro, que funcionó como centro clandestino de torturas. Según las pruebas reunidas hasta el momento, el inmueble fue adquirido en marzo de ese año por una persona no registrada en la Dirección Nacional de Identificación Civil y la escribana que la autorizó era la esposa de un oficial del Servicio de Información y Defensa (SID) a pedido del entonces comandante en jefe, Julio Vadora.
Además, la misma persona “inexistente” realizó la transacción cuando se produjo la venta de la propiedad al Fondo Social de Cutcsa, el 14 de febrero de 1980. La fiscal pide la declaración de Gilberto Vázquez por su presunto conocimiento de este episodio. En ese establecimiento estuvo detenido, junto con Castro, el periodista brasileño Flávio Tavares, quien prestará su testimonio ante los magistrados. También lo hará Juan Raúl Ferreira, hijo de Wilson, quien intervino en las denuncias realizadas durante la dictadura ante la Comisión Interamericana de Derechos Humanos.
Por entonces, el coronel Julio César Bonelli se entrevistó con la esposa de Castro a raíz de una carta que ella había enviado al general Gregorio Álvarez, según consta en uno de los tomos de la Investigación Histórica de Presidencia. Este hecho motiva la solicitud de interrogatorio a ambos militares retirados, este último ya procesado por delitos de lesa humanidad cometidos en dictadura.
Por otra parte, Guianze solicita a los ministerios del Interior y de Defensa, y al Archivo General de la Nación los antecedentes de Juan Ricardo Zabala para interrogarlo. Zabala integraba el grupo de operaciones del SID que secuestró a Castro. Esto fue denunciado en 1985 por el ex agente de ese organismo Julio César Barboza, quien afirmó que recibió de Zabala la orden de acompañarlo al operativo de detención de Castro.