El laboratorio de la Región Este de Udelar: de la ecología acuática a los análisis clínicos de covid-19

“Estas cosas no pasan de la noche a la mañana. Nos llevó tres meses crear este laboratorio –porque hubo que crear una parte de laboratorio que no existía– y fue posible porque hace diez años que estamos instalados en la región trabajando y formando gente para trabajar en esas técnicas. Es gente que está súper bien formada, gente joven, entusiasmada, comprometida, y eso se logra haciendo apuestas a largo plazo; si no tenés a la gente preparada, si no tenés los laboratorios montados, si no tenés el equipamiento, no lo podés hacer”, explicó en diálogo con la diaria Cecilia Alonso, responsable del Laboratorio de Ecología Molecular del Centro Universitario de la Región Este de la Universidad de la República (CURE-Udelar).

Alonso lidera el equipo de estudiantes y docentes que, luego de hacer algunos ajustes y de incorporar un protocolo específico, crearon el Laboratorio de Análisis de Covid-19 y pasaron así de estudiar muestras de sistemas acuáticos a manipular muestras humanas para detectar, mediante la técnica molecular de PCR, el virus SARS-CoV-2. Este laboratorio comenzó a funcionar el 17 de julio y se apoya en un convenio para hacer el diagnóstico de covid-19 entre la Udelar y el Ministerio de Salud Pública (MSP). Es el tercero que monta la Udelar en el interior del país; los otros dos se crearon en Salto y en Tacuarembó.

Hasta ahora, el laboratorio rochense ha procesado 240 muestras de usuarios de la Administración de los Servicios de Salud del Estado (ASSE) del departamento y, en la medida de lo posible, empezará a procesar muestras que provengan de los departamentos vecinos.

La génesis

El medioambiente, la biodiversidad y la ecología junto con la costa y la pesca son dos de los ejes temáticos que propuso la Udelar para la región este en 2011, cuando convocó a la creación de polos de desarrollo universitario. La sede universitaria de Rocha, que se ubica en el cruce de las rutas 9 y 15, no existía en aquel entonces, y los investigadores de la ecología acuática –entre ellos Alonso– empezaron a trabajar en la sede del Programa de Conservación de la Biodiversidad y Desarrollo Sustentable en los Humedales del Este (Probides) y montaron sus laboratorios en contenedores. A fines de 2012, cuando se inauguró la sede actual, mudaron los laboratorios, y los contenedores pasaron a cumplir otras funciones, excepto uno, que quedó en desuso; ese contenedor es el que ahora recibe las muestras de los hisopados para detectar covid-19, relató Alonso.

La mudanza del contenedor de Probides al CURE estaba prevista para otro uso, pero la emergencia sanitaria terminó dándole un fin insospechado. Es que en medio de la pandemia, los investigadores empezaron a pensar de qué manera podían aportar, y como trabajan con técnicas moleculares consideraron la posibilidad de hacer test diagnósticos por PCR para el SARS-CoV-2. Se apoyaron en la experiencia liderada por los investigadores Gonzalo Moratorio y Pilar Moreno, quienes, a partir de un acuerdo firmado a fines de marzo por el Institut Pasteur, la Udelar y el MSP, montaron un laboratorio diagnóstico en el Pasteur, empezaron a hacer la secuenciación genética del virus y diseñaron los kits diagnósticos –elaborados por ATGen– que ahora constituyen entre 55% y 60% de los test que se usan en Uruguay, según dijo el ministro de Salud, Daniel Salinas el viernes, en la ceremonia de inauguración el laboratorio rochense. Además, el equipo de Moratorio y Moreno hizo la transferencia tecnológica de lo aprendido, es decir, ayudó a montar otros laboratorios a manipular y procesar las muestras del SARS-CoV-2. El equipo del CURE fue uno de ellos, y para eso visitó el laboratorio de virología molecular del Pasteur y la Facultad de Ciencias: “Primero fuimos para allá, lo vimos, nos terminamos de convencer de que era posible, que era algo que estaba a nuestro alcance, y luego ellos vinieron hasta acá con el laboratorio recién instalado y ahí mismo hicimos el entrenamiento in situ”, detalló Alonso en la presentación del viernes. Entre los apoyos también estuvo el del virólogo Rodney Colina, que lidera el laboratorio de la Udelar en Salto.

“Nos faltaba una pata muy importante, que era poder lidiar con cuestiones que tienen que ver con la salud”, transmitió Alonso, pero la solución estaba al alcance de la mano: las sedes universitarias del interior del país ofrecen diferentes orientaciones, son multidisciplinarias, como dijo la investigadora el viernes, y entonces integraron a estudiantes avanzadas –y docentes– de la Licenciatura en Enfermería que se dicta en el CURE. La enfermería aporta su conocimiento en la manipulación de las muestras, en la desinfección del área, en el uso de los equipos de protección personal y en la forma en que debe hacerse la trazabilidad y el registro de las muestras.

La proyección

“No nos contentamos con ser técnicos, que es lo que se necesita en este momento, sino que queremos generar conocimiento”, expresó Alonso el viernes. Además de señalar la articulación que se generó dentro del CURE y del CURE con científicos de la Udelar y del Pasteur, resaltó un tercer nivel de articulación: la del llamado “consorcio Fronteras”. Ese equipo está conformado por investigadores del Centro Universitario Regional Litoral Norte de la Udelar, de la Facultad de Ciencias, del Institut Pasteur, del Instituto de Investigaciones Biológicas Clemente Estable (IIBCE) y ahora del CURE, y tiene el objetivo de contribuir a la vigilancia epidemiológica mediante el uso de técnicas moleculares. Formalmente, este proyecto se titula “Vigilancia epidemiológica de la covid-19 en las fronteras uruguayas y análisis de su transmisión local en el interior del país”, y acaba de ganar un fondo extrapresupuestal por intermedio de la Fundación Manuel Pérez de la Facultad de Medicina.

Alonso explicó en qué consiste la vigilancia epidemiológica molecular: “En este momento una de las claves de que Uruguay pueda tener bajo control la situación sanitaria es que está haciendo un muy buen testeo y un muy buen rastreo de los contactos que dan positivo. El rastreo se hace por métodos de epidemiología clásica de seguir a los contactos que dieron positivo, pero eso, como cualquier metodología, tiene sus limitaciones: se requiere un esfuerzo brutal de la gente para estar investigando esos contactos, y un complemento que surge interesante a raíz de las técnicas que manejamos con otros objetivos para nuestras investigaciones es poder hacer un rastreo a nivel de los genomas de los virus”. Detalló que es un virus que muta rápidamente y que analizar sus variantes permite conocer cómo y cuándo entraron al país las que causaron determinado brote. Este equipo fue el que determinó que los brotes de covid-19 en Rivera y Treinta y Tres fueron introducidos desde Brasil y que eran diferentes variantes. “No es lo mismo tratarlos como focos independientes que tratarlos como si fueran el mismo”, dijo Alonso, y añadió que esta vigilancia “da la pauta del grado de circulación que está teniendo cierta variante en cierto lugar, que puede ser una ciudad, un barrio, una región del país o todo el país. Podemos ir rastreando cómo se va moviendo el virus, por un lado, mediante la epidemiología clásica con los contactos y, por otro lado, mediante la epidemiología molecular, analizando el genoma del virus”, especificó.

Con fondos viabilizados por la Fundación Manuel Pérez, el consorcio apuesta a extender a los laboratorios del interior del país la tecnología de secuenciación del virus que han desarrollado los investigadores del Pasteur y de la Udelar. Uno de los anhelos es alcanzar una escala que permita hacer las secuenciaciones “en tiempo real”, lo que permitiría tener una trazabilidad de los focos en cuanto se detectan los primeros casos, y Alonso apunta que Uruguay tiene una escala de casos que permite hacer esa secuenciación en tiempo real. Para esta apuesta, el CURE integra también a bioinformáticos, que son los encargados de analizar e interpretar los resultados.

“La idea es no solamente poder generar los resultados, sino además poder generar la infraestructura y el conocimiento y que eso quede capitalizado en los diferentes laboratorios que están participando en ese consorcio, porque hoy es esto pero mañana puede tener otra aplicación”, añadió la investigadora, como mirando más allá de la pandemia.