La fiscal de Flagrancia de 13 turno, Lucía Nogueira, archivó la investigación contra Guido Manini Ríos, que era indagado por un delito de omisión de los funcionarios a denunciar delitos. Nogueira consideró que la causa prescribió, dado que el delito por el que se lo investigaba, previsto en el artículo 177 del Código Penal, tiene una pena mínima de prisión de tres meses y una máxima de 24 meses, por lo que prescribe a los cuatro años.

El inciso segundo artículo 117 del Código Penal prevé que los delitos que prevén penas de prisión, como es el caso, prescriben a los cuatro años. Como los hechos denunciados ocurrieron en junio de 2018, la causa fue archivada.

Manini Ríos fue investigado por no denunciar ni informar, en su calidad de comandante en jefe del Ejército, al presidente de la República sobre las declaraciones del militar retirado José Nino Gavazzo, fallecido en junio de 2021, que confesó ante un tribunal militar haber sido el responsable de trasladar y arrojar el cuerpo del militante tupamaro Roberto Gomensoro al río Negro, en marzo de 1973.

En su primera comparecencia ante el tribunal de honor, el 10 de abril de 2018, Gavazzo admitió haber sido el responsable de trasladar el cuerpo de Gomensoro de Montevideo a Tacuarembó y tirarlo en una zona de Rincón del Bonete, donde fue encontrado seis días después del asesinato.

“El general Cristi dio la orden de que [...] por temas de desprestigio del Ejército no podía darse a conocer que había fallecido un hombre en un cuartel porque iban a decir que lo habíamos matado. Y no fue así. Entonces dio la orden de que lo tiraran en la..., en el río Negro. En el campo militar que hay allí, antes de la represa. Bueno, quien tuvo que hacer eso fui... Recibí la orden de hacerlo yo. Lo hice yo”, declaró Gavazzo ante el tribunal militar.

Tampoco denunció sobre las declaraciones del militar en situación de reforma Jorge Pajarito Silveira, quien dijo que Gavazzo había sido el responsable de la desaparición de Eduardo Pérez Silveira, conocido como El Gordo Marcos, quien murió luego de ser torturado en el Cuartel de Artillería 1, en mayo de 1974.

Según la versión que dio Manini Ríos ante el fiscal Rodrigo Morosoli, al enterarse de los dichos de Gavazzo los comunicó verbalmente al entonces ministro de Defensa Jorge Menéndez, y este habilitó la continuidad de las actuaciones en la Justicia militar, luego de consultar al entonces secretario de Presidencia Miguel Ángel Toma.

Además, señaló que los integrantes del tribunal de honor, Gustavo Fajardo, Alfredo Erramún y José González, y los del tribunal de alzada, Claudio Romano, Alejandro Salaberry y Carlos Sequeira, le informaron en forma verbal sobre los dichos de Gavazzo, mientras que los militares declararon que le fue remitida una copia de la declaración.

Por otra parte, Manini Ríos dijo que recomendó seguir por entender que podría tratarse de una maniobra de Gavazzo para dilatar la causa en la Justicia militar, dado que ante la confesión de un delito el artículo 77 del reglamento de los tribunales de honor plantea que deben suspenderse las actuaciones y denunciar ante la Justicia ordinaria.

En febrero de 2019, Menéndez informó al entonces presidente, Tabaré Vázquez, sobre la relevancia penal de las declaraciones de Gavazzo y Silveira, y Vázquez ordenó homologar los fallos del tribunal y realizar la denuncia penal. Manini Ríos fue cesado en marzo, días antes de iniciar su carrera política. En noviembre de 2019, Morosoli pidió el desafuero del entonces senador electo que fue rechazado por el Senado el 30 de setiembre de 2020, con votos en contra de los senadores de Cabildo Abierto, el Partido Nacional y el sector Batllistas del Partido Colorado.