Francisco Bustillo renunció a su cargo de canciller de la República el 1° de noviembre de 2023. El entonces jerarca del gobierno de Luis Lacalle Pou había sido acusado ante la Fiscalía por la exsubsecretaria de Relaciones Exteriores Carolina Ache de pedir el ocultamiento de información en el marco de la investigación por la entrega de un pasaporte al narcotraficante Sebastián Marset. Más allá de la renuncia, la acusación terminó en la apertura de una nueva causa para la investigación de la destrucción de los chats entre Ache y quien era el subsecretario del Ministerio del Interior, Guillermo Maciel. El mismo caso derivó actualmente en el sumario de Bustillo, quien continuaba siendo funcionario del Ministerio de Relaciones Exteriores.
Según informó Subrayado y confirmó la diaria, el actual canciller de la República, Mario Lubetkin, firmó una resolución con la que se confirmó el sumario de Bustillo, resultando esto en la retención del 50% de su salario y en la “prohibición” de prestar funciones. Con relación a esto último, se detalló que la decisión redundará en que el exministro de Relaciones Exteriores abandone las tareas que venía cumpliendo como pase en comisión con el diputado nacionalista Juan José Olaizola.
La destrucción de los chats entre Ache y Maciel, y más concretamente del documento certificado que daba cuenta de ellos, derivó en un proceso en el que, entre otras cosas, la Fiscalía de Delitos Económicos y Complejos de primer turno, a cargo del fiscal Alejandro Machado, solicitó información al Ministerio de Relaciones Exteriores. Según detallaron fuentes de la cancillería, tras constatar la ausencia de documentación vinculada al caso, se llamó a declarar ante el Departamento de Jurídica de la cartera a distintos funcionarios vinculados al caso.
Entre los funcionarios a los que se citó, estaban Bustillo y también el exjefe de Jurídica de Relaciones Exteriores, Carlos Mata. Este último declaró; sin embargo, el excanciller se negó en reiteradas oportunidades, y eso es lo que deriva en el actual sumario.
Bustillo ingresó a cancillería en 1986 y desde entonces se desempeña como funcionario de carrera. Luego de la renuncia de Ernesto Talvi a su cargo como canciller de la República en julio de 2020, el hoy sumariado asumió el máximo cargo de Relaciones Exteriores. Hasta entonces se desempeñaba como embajador en España.
Luego de su renuncia como ministro de Relaciones Exteriores, Bustillo atravesó un largo período de licencia. En julio de 2024 fue designado por el entonces canciller, Omar Paganini, asesor de Asuntos Políticos de la cartera. En enero de 2025 se le propuso al Parlamento su nombre para la embajada en Perú, pero al no conseguir las mayorías necesarias, el presidente Lacalle Pou decidió retirar el pedido de venia. Desde febrero de este año se desempeña como asesor de Olaizola.